Fabuła Wolfensteina przenosi nas do roku 1943. Podczas gdy sytuacja w Europie zdaje się być opanowywana przez wojska alianckie, naziści wciąż usiłują przechylić szalę zwycięstwa na swoją stronę i pod wodzą Heinricha Himmlera pracują nad tajemniczą bronią o nazwie Black Sun. Oręż powstający przy wsparciu praktyk okultystycznych ma pomóc hitlerowcom w osiągnięciu światowej dominacji. Pokrzyżować te plany może tylko Blazkowicz.